O Ensino Médio no Colégio Sepam tende a favorecer o desenvolvimento do aluno, fornecendo-lhe meios para avançar nos estudos e no trabalho, sendo de formação indispensável para o exercício da cidadania.

Nos últimos anos do ensino básico, o Sepam reforça a preocupação com a educação tecnológica, a compreensão do significado da ciência, das letras e das artes. Visa também a importância no processo de transformação social e cultural. As atividades complementares, promovidas pela instituição, estão aliadas a um ensino forte e de alta qualidade.